Действие F.E.A.R. 2: Project Origin также разворачивается в мире, полном паранормальных явлений, в котором жестокие перестрелки перемешиваются с совершенно необъяснимыми явлениями, от которых легко мутнеет даже самый ясный рассудок.
Игра начинается незадолго до окончания событий оригинальной F.E.A.R.
Отряд специального назначения направляется в город Auburn. Вернее, в те развалины, которые остались на его месте. Мегаполис был разрушен паранормальным взрывом невероятной силы.